根據化學分析萃取和植物有效成分提取的不同要求，目前用于微波萃取和提取的微波系統具有很大的差異，從簡單的家用電器微波爐加燒瓶/燒杯，或帶有裝回溜裝置的改造型家用電器微波爐，專門設計的具有溫度控制系統和回溜裝置的微波化學合成/萃取系統、完善的、專門設計的具有溫度、壓力、有機氣體監測和程序控制的微波樣品萃取制備系統。
1、家用電器微波爐加燒瓶/燒杯
用簡單的燒瓶/燒杯放入家用電器微波爐中進行微博萃取的實驗研究工作，是初期微波萃取研究的方法，介于經濟原因，目前仍在一些高校和研究院所采用。這種設備應用的突出優點是設備簡單，成本低，不足之處是萃取條件不易控制，試劑揮發嚴重，操作繁瑣并有可能發生危險。
2、裝回溜裝置的改造型家用電器微波萃取設備
使用裝有回溜裝置的改造型家用電器微波萃取設備，萃取方法基本與常規電爐加熱相同，一般一次可萃取的樣品量比較大，試劑用量和樣品將達到幾百或上千克，為克服微波（在2450MHz）輻射穿透不足的問題，需要增加電磁或機械攪拌部件。
3、專門的微波消解/萃取系統
同時具有消解和萃取功能的微波樣品制備系統（如上海新儀微波化學科技有限公司生產的
微波萃取儀）。適合于化學分析的樣品萃取，一次可以同時處理數十個或更多的被萃取樣品，效率高。這種技術的樣品容器設計時，考慮到微波（在2450HMz）輻射穿透的問題。因此，不需要附加攪拌功能。分析化學實驗室的樣品測定和研究應用這種系統。
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